蘑菇的根又称作菌根，是指菌丝体系，是在土壤中分布的一种细胞类群。蘑菇的根与植物的根不同，它并没有主干和侧生根，而是由大量细小的菌丝组成的。这些菌丝可以延伸至几米远，也可以穿透数十米厚的土层，因此蘑菇的根可以非常庞大。不过，由于蘑菇的菌丝普遍生长在土表以下10-15厘米的范围内，所以通常在这个范围内找不到蘑菇的根。在种植蘑菇时，为了让菌丝能够快速生长，需要保持适宜的湿度和温度等环境条件。
蘑菇的吃法多样，可以做成素炒蘑菇、香煎蘑菇、炸蘑菇、椒盐蘑菇、蘑菇炒肉丝、蘑菇汤、蘑菇烩青菜、红烧蘑菇、蘑菇酱，涮火锅、煲汤也可以放蘑菇，蘑菇也可以做饺子馅。
蘑菇的根的大小因不同蘑菇种类而异。通常，蘑菇的根，也就是菌丝，会在地下扩张范围很大。菌丝频繁地生长，会形成一个庞大的网络，就好像一张在地底下的网。这个网络将会与细小的土壤粒子相互交织，从而增强土壤的结构，协助养分的循环。
在理想细菌的范围内，蘑菇菌丝的范围通常在1到2平方英尺之间。而对于那些可供采摘的蘑菇来说，这个范围大概在几个英寸到几英尺之间，具体取决于蘑菇的大小以及生长环境。