小西红柿苗开花后应当及时摘除，让养分供给根系和茎叶。因为小西红柿幼苗的根系还比较弱小，无法吸收较多养分。
如果开花后不及时处理，后期就可能会出现大量的畸形果。小西红柿苗开花的原因主要有两种，第一种是水分供应不足，第二种是磷钾肥施加过多。所以养护小苗时，应当提供充足的水分，并且控制磷钾肥的施用。
千禧小番茄是一种高产低空间占用的精品作物，因此吊蔓是种植过程中必不可少的步骤。吊蔓的方法主要有两种：一种是单枝挂吊式，即将小番茄的主茎挂在横向的支架上，再用捆扎带将侧枝绑到主茎上；
另一种是双枝牵吊式，即将小番茄的主茎分为两个枝条，分别吊在支架上，侧枝则挂在主茎上，较为适合茁壮生长的小番茄。无论哪种吊蔓方式，都应在生长旺盛时进行，以保证小番茄的健康生长与高产。