如果退税时需要补交税款，一般来说可以直接在退税申请表里填写缴税金额，如果不知道具体数额，可以向相关税务部门进行咨询。
如果申请退税时已经缴税而且超额缴纳，就可以直接在申请退税时申请退回超额部分的缴纳税款。但是如果还欠税款，需要在一定时间内补齐，否则将会被加收滞纳金等罚款。
如果退税时发现需要补交税款，处理方法如下：
1. 在规定时间内缴清需要补交的税款；
2. 如果已经超过了规定时间，可向相关税务机关提出申请，尽可能的避免其它惩罚；
3. 如果发现需要补交税款前还未提交申请，相关税务机关将对其进行罚款和停业整顿等处罚。
退税时需要认真核对所填报的内容和数据，并在退税前咨询专业人士。遵守法律规定和诚实守信原则是进行退税的最基本要求，以维护自身合法权益和企业形象。
如果退税申请中有需要补交的税款，应该在规定的时间内将款项缴纳至税务局指定账户，以确保退税流程顺利进行。交纳方式一般可以通过网银、ATM、银行转账等方式进行。如果超过规定时间未缴纳，可能会影响退税的进程，甚至可能导致退款被拒绝。所以，退税时一定要注意查看申请材料中是否有补交税款的情况，并在规定时间内进行处理。