对于在城市中申请了两限房之后，是否还能对农村宅基地进行确权，需要依据具体情况和相关政策规定进行判断。

目前国家政策规定，转为非农业户口之后，仍可以进行宅基地的确权。同时，现阶段不得以退出土地承包经营权、宅基地使用权、集体收益分配权作为农民进城落户的条件。

对于全家迁入设区市以上转为城市户口，宅基地已经交回或收回的情况，本次不予确权登记。但如果没有交回或收回，且本人不愿意交回的，应进行确权登记。如果是合法审批的，则按审批面积进行确权；如果未履行批准手续，则需根据历史阶段处理。

因此，对于在城市中申请了两限房的人，是否还能对农村宅基地进行确权，需依据具体情况和相关政策规定进行判断。在具体操作中，建议咨询当地相关部门或律师，以获得准确和专业的判断和建议。[DONE]