蝴蝶兰的种子呈小黑色颗粒状，直径约0.3-0.5毫米，具有光泽，质地坚硬。种子表面有微小的凹凸和纹路，以便吸收水分和营养，促进发芽生长。蝴蝶兰的种子生长需要充足的温度、湿度和光照条件，一般在温暖湿润的环境下较容易发芽。由于蝴蝶兰的生长过程十分缓慢，种子的繁殖方式远不如分株或组培繁殖高效，一般只有专业人员或爱好者会尝试种植。
实际上，蝴蝶兰并没有真正的蓝色花。尽管有些品种的花朵看起来可能略带蓝色，但其实都是紫色或紫蓝色的。这是因为蓝色素并不是存在于蝴蝶兰花瓣中的色素。相反，它是通过绿色和红色色素的配合来产生视觉上的深蓝色效果。虽然蝴蝶兰花的颜色可能因生长条件，光照等影响而有所不同，但蓝色的花瓣并非它的自然颜色。
蝴蝶兰种子长约0.2-0.3厘米，呈纽扣状，色泽棕褐色。它们包含在花朵的蒂头里，在花期结束后逐渐干燥，最终裂开，释放出种子。蝴蝶兰种子表面粗糙，类似于弹珠。在播种前，需将种子浸泡在温水中6-8个小时，以激发其发芽能力。
种子需要在高湿度（约70-80%）的环境下进行育苗，也可以使用专门的育苗介质，如蕨麻或木炭末。蝴蝶兰种子发芽难度较大且生长缓慢，需要坚持耐心地护理。